Depuis, les familles se battent pour connaître la vérité sur les circonstances du naufrage, en moins d'une minute, alors que les conditions météorologiques n'étaient pas mauvaises. Comme des manoeuvres navales de l'OTAN se déroulaient sur la même zone, une collision entre un sous-marin et le chalutier pouvait expliquer le naufrage.

Depuis dix ans, les familles se heurtent à la volonté obstinée de l'État français et des marines de l'OTAN de nier leurs responsabilités dans le drame. La marine a tout d'abord nié la présence de sous-marins dans la zone, avant de refuser de donner leur position au nom du secret-défense. En décembre 2005 la ministre de la Défense, Alliot-Marie, avait finalement décidé de déclassifier, c'est-à-dire de rendre publics l'ensemble des documents d'activité maritime dans la zone du naufrage. En septembre 2006, le juge chargé de l'enquête parlait de l'hypothèse « d'un bâtiment sous-marin ». De plus, le renflouement du Bugaled Breizh avait permis de mettre en évidence des traces suspectes de titane sur la coque. Mais, en novembre 2006, un rapport du Bureau étude accidents en mer concluait lui à « un accident de mer », avançant l'hypothèse d'un filet qui se serait pris dans le sable. Le rapport mettait également en cause les marins, qui n'étaient plus là pour se défendre.

Indignées les familles continuaient leur enquête et en 2008 les juges et les experts admettaient verbalement la validité de la thèse du sous-marin. Des sous-marins étaient même évoqués, le britannique Turbulent ou un américain. Des investigations supplémentaires auraient dû permettre de confirmer ces hypothèses, mais les juges en ont décidé autrement, estimant qu'il n'y avait pas d'éléments nouveaux.

Finalement, la justice aura suivi l'État français et les responsables des marines de l'OTAN pour que le couvercle timidement soulevé soit vite refermé et qu'au nom du secret-défense l'armée, la « grande muette », puisse continuer à se taire.