Dans le Nord, à Kidal, des combats ont mis aux prises les soldats maliens et les groupes armés indépendantistes touareg. Dimanche 29 septembre, l'armée malienne et les combattants du Mouvement national pour la libération de L'Azawad (MNLA), la principale organisation touareg, se sont affrontés à la mitrailleuse au centre de Kidal. Le calme est revenu après deux jours de combats, mais le cessez-le-feu reste extrêmement précaire entre les troupes maliennes et les groupes armés touareg. Déjà le 11 septembre des affrontements avaient fait plusieurs morts dans la région de Foïta, près de la frontière mauritanienne. Les mouvements touareg accusent le président malien de rester sourd à leur revendication d'autonomie. Ils ont suspendu leur participation au comité de suivi des accords de Ouagadougou, censés garantir depuis le mois de juin l'application du cessez-le-feu.

À Tombouctou, un attentat-suicide revendiqué par al-Qaida au Maghreb islamique (Aqmi) est venu confirmer que les groupes djihadistes n'ont pas disparu avec l'intervention militaire française. Samedi 28 septembre, une voiture piégée a explosé à l'entrée du camp militaire de la ville, tuant deux civils maliens. Les kamikazes se sont joués des contrôles et ont disposé des armes nécessaires pour commettre leur attentat. Ils sont donc bien présents dans les environs, et capables de frapper à nouveau. Ces groupes ont également refait leur apparition à Kidal en profitant des affrontements qui y ont eu lieu.

L'armée malienne a aussi fait parler d'elle. Dans le camp militaire de Kati, situé à 15 km de la capitale Bamako, un groupe de soldats s'est mutiné lundi 30 septembre et a pris en otage un colonel pour réclamer des promotions, comme celle dont a bénéficié leur chef, l'ex-capitaine Sanogo, l'auteur du coup d'État qui avait renversé en mars 2012 l'ancien président Amadou Toumani Touré. Sanogo ayant été nommé général par le nouveau président Ibrahim Boubacar Keïta, ses hommes ne voient pas pourquoi ils ne pourraient pas bénéficier eux aussi d'un avancement, et surtout des possibilités de rançonner la population qui vont avec.

Ibrahim Boubacar Keïta a beau affirmer que « le Mali a retrouvé sa souveraineté sur l'ensemble de son territoire et s'est engagé sur le chemin de la réconciliation nationale », ces événements montrent qu'il n'en est rien. L'intervention militaire française n'a pas débarrassé vraiment le pays des groupes djihadistes, le problème touareg reste entier, et l'armée conserve toute sa capacité de nuisance. L'opération Serval, dont François Hollande est si fier, a simplement maintenu le Mali dans l'orbite de l'impérialisme français, ce qui était d'ailleurs son seul véritable but.