Depuis des années, l'état des infrastructures du réseau ferroviaire nécessite de gros investissements d'entretien et de renouvellement. La création de RFF a contribué à aggraver encore la situation.

La Cour des comptes qualifie « d'inquiétant » l'état de l'infrastructure ferroviaire. C'est un euphémisme quand on sait qu'il s'agit d'un réseau sur lequel circulent des milliers de trains transportant des voyageurs et des marchandises parfois dangereuses.

Si les lignes à grande vitesse, TGV et autres, sont à peu près en bon état, pour le reste du réseau, l'état est moyen, mauvais ou très dégradé. Entre 1987 et 2005, aucun renouvellement des voies des petites lignes, empruntées par les trains de marchandises et par les trains locaux de voyageurs, n'a été réalisé. Sauf sur les lignes à grande vitesse, le rapport constate que les postes d'aiguillage sont d'une « technologie obsolète » et dans un « état parfois préoccupant », « les lignes aériennes de transmission sur certains axes régionaux se trouvent dans un état dégradé et leur entretien relève parfois du défi », les mâts de caténaires présentent des « signes inquiétants de corrosion ».

Seuls 32 tunnels sont équipés d'une sécurité incendie correcte, mais pour les centaines d'autres tunnels, « on ne dispose pas de données » et comme la Cour note une « réduction drastique de leur entretien » pour des raisons d'économies financières, on imagine leur état. Les dépenses de renouvellement du réseau ont baissé entre 1984 et 2004 de 20 %, beaucoup plus si on exclut du calcul les lignes à grande vitesse qui, elles, font l'objet de soins particuliers.

À la fin 2006, la dégradation du réseau imposait des ralentissements permanents pour des raisons de sécurité sur 1 300 km de lignes régionales et la Cour précise que « des accidents majeurs ont été frôlés au cours de ces dernières années ». Bref, « près de la moitié du réseau ferré français est en mauvais état », conclut la Cour des comptes.

Selon celle-ci, les plans de rénovation sont « victimes des différends entre RFF et SNCF » et la dégradation à venir de l'ensemble du réseau est certaine. En fait, plus que les différends entre ces deux entreprises publiques, l'état lamentable du réseau ferré illustre la politique des gouvernements successifs, qui n'ont pas fait et ne font toujours pas les investissements nécessaires. Depuis des années, le service public est réduit à la portion congrue alors qu'il est essentiel à la population.